É muito simples fazer essa junção, porém pra quem está começando agora, eu sei que complica bastante (pois eu mesmo ja sofri pra fazer isso! :p).
Basta criar-mos um link simbólico da lib libjavaplugin_oji.so que se encontra na pasta de plugins do java, para a pasta de plugins do firefox, da seguinte maneira:
ln -s /opt/jdk1.6.0_10/jre/plugin/i386/ns7/libjavaplugin_oji.so /opt/firefox/plugins/libjavaplugin_oji.so
Após feito esse processo é só reiniciar o firefox e voilá!
Seu java estará configurado pra rodar no firefox.
Ressaltando que /opt/jdk1.6.0_10 é o diretório onde o meu java se encontra instalado, vc deverá mudar esse diretório de acordo com a instalação do java na sua máquina, e o mesmo vale para /opt/firefox , que é onde o firefox está instalado na minha máquina.
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